Mortadelo y Filemón, Misión: Salvar la Tierra es la segunda película de los agentes de la TIA en la que tendrán que volver a salvar el mundo ellos solitos. El argumento es de los típicos de sus historias. El mundo está sufriendo una sequia enorme, y se necesita agua. Pero “los malos” se quedan con el agua para que la gente tenga que comprar su bebida. El malo malísimo se llamará Botijola y secuestrará al profesor Bacterio.
Por otro lado para deshacerse de todos los agentes secretos del planeta, atenta contra una reunión de agentes secretos que estaban planeando que hacer para resolver el problema del agua. Sin embargo Mortadelo y Filemón no han ido a esa reunión y serán los únicos que queden para salvar la Tierra. Y además el profesor Bacterio ha distribuido su invento por muchas épocas y Mortadelo y Filemón tendrá que viajar por muchos siglos para ir recuperándolas.